No âmbito Marítimo, Fluvial e Lacustre a JST investiga acontecimentos relacionados com a explotação de um buque ou artefato naval seja marítimo, fluvial ou lacustre, de acordo ao estipulado pela Organização Marítima Internacional. Se consideram os acontecimentos que podem produzir morte ou lições graves às pessoas, perdida de uma pessoa a bordo, pressuposta perdida ou abandono de um buque ou artefato naval, danos materiais ou varada de um buque ou artefato naval, como assim também danos materiais à infraestrutura marítima alheia ao buque, mas que sejam produzidos pelo mesmo. Uma vez concluído o processo de investigação e análise do acontecimento, a JST realiza o controle das medidas de seguridade operacional.